Anders als in Amerika, wo ein anderes Crewmitglied ins Cockpit wechseln muss, kann bei deutschen Airlines ein Pilot vorübergehend allein im Cockpit bleiben. Seit den Anschlägen vom 11. September 2001 wurden weltweit in den Flugzeugen gepanzerte Cockpit-Türen eingebaut, damit niemand ins Cockpit eindringen und das Steuer übernehmen kann. Von außen lässt sich diese Tür nicht ohne Weiteres öffnen. Dies ist Lufthansa-Chef Spohr zufolge sogar mit kleinkalibrigen Waffen nicht möglich. Wer in die Kabine will, klingelt demnach zunächst. Der Pilot sieht über mehrere Bildschirme, wer vor der Tür steht. Er kann dann die Tür über einen Knopf im Cockpit öffnen. Andreas Lubitz öffnete die Tür nicht.

Um die Tür von außen zu öffnen, ist die Eingabe eines Notfall-Codes nötig. Diese Zahlenfolge ist der Besatzung bekannt. Es ertönt ein Signal. Wenn darauf nicht geantwortet wird, geht die Tür nach einigen Sekunden selbstständig auf. Im Cockpit kann die Tür allerdings bewusst verriegelt werden, um zur Gefahrenabwehr ein Eindringen von Fremden zu verhindern. Der Pilot legt dafür nach Eingabe des Notfall-Codes einen Schalter so um, dass die Tür für fünf Minuten verriegelt wird.Dies ist womöglich im Fall des verunglückten Airbus geschehen. Der Copilot weigerte sich den Ermittlern zufolge bewusst, den Kapitän hereinzulassen.